Kleingewässer mit ihrer natürlichen Ufervegetation sind ein äußerst vielfältiger Lebensraum; in der Kontaktzone zwischen Wasser und Land leben zahlreiche gefährdete Tierarten, die nicht in andere Lebensräume ausweichen können. Viele Insekten, beispielsweise die farbenprächtigen Libellen, entwickeln sich im Wasser, wobei die einzelnen Arten an jeweils sehr unterschiedliche Gewässertypen und Feuchtbiotope mit ganz bestimmtem Pflanzenwuchs angepasst sind.

Auch für Lurche sind Tümpel, Weiher und Gräben als Laichplatz lebensnotwendig. Fischteiche bieten kaum einen Lebensraum für Amphibien, da die Fische die Kaulquappen fressen.

Moore können dort entstehen, wo Wasser im Überfluss vorhanden ist. Durch den hohen Wasserstand kommt es zu einem Sauerstoffmangel, der dazu führt, dass organisches Pflanzenmaterial nicht von den Bakterien zersetzt wird: Es bildet sich Torf. Moore haben ein großes Wasserspeichervermögen. Bei Starkniederschlägen können sie in kurzer Zeit viel Wasser aufnehmen und speichern. Über Quellen wird es dann langsam wieder abgegeben.

Moore wachsen langsam in die Höhe. Pro Jahr bildet sich ein Millimeter Torf, in tausend Jahren entsteht also ein Meter Torf. Ist ein Moor einmal zerstört, kann es nicht wiederhergestellt werden. Die Entstehung der Moore reicht gut zehntausend Jahre zurück, also in die Zeit nach dem Ende der letzten Eiszeit. Seither haben einige Moore eine Torfmächtigkeit von bis zu zehn Metern erreicht.

Alles, was in den letzten Jahrtausenden ins Moor gefallen ist - zum Beispiel Pollen - wird im Torfkörper beinahe unverändert konserviert. Aufgrund der verschiedenen Pollenarten und -anzahl können Wissenschaftler die Klima- und Vegetationsgeschichte seit der letzten Eiszeit rekonstruieren.

Es gibt zwei Typen von Mooren: 

• Niedermoore werden von Grund- und Hangwasser gespeist und entstehen oft durch Verlandung von Seen. Bei den Pflanzen überwiegen verschiedene Seggenarten. 
• Mit fortschreitendem Wachstum des Moores werden die Pflanzen vom Grundwasser abgeschnitten und nur durch das nährstoffarme Regenwasser gespeist. In Gebieten mit hohen Niederschlägen können sich auf diese Weise Hochmoore entwickeln. Da sie keine Verbindung zum Grundwasser haben, sind sie sehr nährstoffarm. Die anspruchslosen Torfmoose haben neben den Zellen mit dem Blattgrün auch große Wasserspeicherzellen, weshalb sie sehr viel Wasser aufnehmen und speichern können. Das Hochmoor wächst in der Mitte stärker als am Rand. Es bilden sich erhöhte „Bulten“ aus Torf und Torfmoosen sowie nasse, wassergefüllte Vertiefungen, die „Schlenken“.

In der Verlandungszone von Seen und Weihern sowie an anderen feuchten Stellen entwickeln sich in den Tallagen bis zur montanen Stufe Schilfbestände. Hier leben verschiedene Sumpf- und Wasservögel. Sie sind nicht nur durch die Zerstörung und Einengung ihres Lebensraumes gefährdet, auch der Freizeitbetrieb von Badenden, Booten und Fischern verdrängt diese Brutvögel.

Manche Schilfbestände und Niedermoorflächen werden seit Jahrhunderten als Streuwiesen gemäht. In der Folge haben sich hier besonders artenreiche Pflanzengesellschaften ausgebildet. Die Erhaltung dieser Flächen ist auch für bodenbrütende Vogelarten wichtig. Werden diese Flächen nicht mehr gemäht, verbuschen sie und entwickeln sich zu einem Auwald.

In Südtirol ist die Schilfmahd zwischen 1. September und 15. März erlaubt. In besonderen, begründeten Fällen kann die Mahd vorverlegt werden (Beschluss der Landesregierung Nr. 264 vom 12.04.2022).

Einst bedeckten Erlen und Weiden auch in Südtirol weite Teile der Talböden. Jahrhundertelang hat der Mensch durch landwirtschaftliche Meliorierungen den Auwald dezimiert, größere Reste haben nur mehr im Obervinschgau und im Tauferer Tal überlebt. Auwälder sind wahre Naturparadiese, in denen noch sehr viele seltene Tiere und Pflanzen einen letzten Lebensraum finden, deshalb stehen sie heute durchwegs als Biotope unter Schutz.

An Flussmündungen, Flusswindungen und in breiten Flussbetten lagert das Wasser häufig unterschiedlich feines schlammiges und sandiges Material ab. Schlamm-, Sand- und Kiesbänke bieten Lebensraum für eine spezielle Tierwelt und sind in Südtirol nur mehr an wenigen Stellen zu finden. Flussregulierungen und der Bau von Wasserkraftwerken haben den Fließgewässern viel von der natürlichen Dynamik genommen.

Flussregenpfeifer und Flussuferläufer leben ausschließlich in dieser Art von Habitat. Sie legen ihre Eier zwischen Kieselsteinen ab. Während des Vogelzugs halten sich auf den Schwemmufern seltene Watvögel, wie zum Beispiel der Kiebitz, und andere ans Wasser gebundene Vogelarten auf.

In den Kiesflächen der Prader Sand kamen bis in die späten Neunzigerjahre zwei vom Aussterben bedrohte, spezialisierte Heuschreckenarten vor (Epacromius tergestinus, Tetrix tuerki), obwohl im Umkreis von Hunderten von Kilometern bereits alle Populationen erloschen waren. Mittlerweile stuft die rote Liste Epacromius tergestinus als ausgestorben bzw. verschollen ein.

Trockenrasen sind vor allem an den südexponierten Hängen des Vinschgaus verbreitet. Die Niederschläge betragen weniger als 500 Millimeter im Jahr, starke Sonneneinstrahlung und Trockenheit bestimmen das Klima. Die hohen Berge halten die Regenwolken ab, häufige Fallwinde trocknen die Täler zusätzlich aus.

Ursprünglich kamen Trockenrasen nur auf wenigen, felsigen und steilen, südexponierten Hängen vor. Mit steigender Bevölkerungszahl haben die Bauern den Föhrenwald und die kargen Hangwälder abgeholzt oder abgebrannt und so Weideland gewonnen. Die Beweidung mit Schafen und Ziegen förderte die Versteppung. Die Böden sind steinig, wasserdurchlässig und trocken, humus- und nährstoffarm. Trotz oder gerade wegen dieser Armut und Kargheit ist die Artenvielfalt dieser Lebensräume beeindruckend. Pflanzen und Tiere haben sich an die extremen Bedingungen angepasst, außerdem kommen hier viele Pflanzen aus dem osteuropäischen und dem mediterranen Raum vor. Die Trockenrasen sind ein Paradies für Schmetterlinge, aber auch Heuschrecken, Wildbienen, Reptilien und andere wärmeliebende Arten finden hier einen geeigneten Lebensraum.

Über viele Jahrhunderte sind die Trockenhänge mit Schafen und Ziegen beweidet worden. Vorteilhaft war die Wanderschafhaltung: Gräser und Kräuter wurden rasch abgefressen, die Tiere zogen weiter und dadurch wurden Trittschäden und die Verdichtung des Bodens vermieden. In der jüngeren Vergangenheit wurden manche Gebiete zu stark beweidet. Dies führte zu beträchtlichen Erosionsschäden und zu einer Verarmung der Pflanzenvielfalt. Heute sind die Trockenrasen durch die ausbleibende Nutzung in ihrem Bestand gefährdet. Wird der Weidebetrieb aufgegeben, verbuschen die Hänge und werden zu Wald. Zusätzliche Gefahr droht von außen. Untersuchungen im Vinschgau belegen, dass die Spritzmittelabdrift aus den angrenzenden Obstanlagen für den beträchtlichen Artenschwund verantwortlich ist. Das erklärt auch den Rückgang der insektenfressenden Vögel, denen vor allem Raupen als Nahrungsgrundlage fehlen.

Auftrag und Ziel des Naturschutzes ist die Erhaltung der Trockenrasen als offene und strukturreiche Lebensräume. Durch eine traditionelle Wirtschaftsweise mit Beweidung und Entbuschung soll die Vielfalt der Trockenhänge erhalten werden.