Die meisten Biotope liegen im besiedelten Bereich und bedürfen einer ständigen Kontrolle und verschiedener Pflegemaßnahmen. Nur so können menschliche Störungen ausgeschalten oder gering gehalten und geschädigte Biotopbereiche wieder belebt werden. Die Pflegemaßnahmen und eine eventuelle extensive landwirtschaftliche Nutzung richten sich nach dem jeweiligen Biotoptyp und dessen Schutzziel.

• Hochmoore müssen z. B. ganz sich selbst überlassen werden, da die Moorvegetation sehr empfindlich auf Viehtritt und Eutrophierung (Nährstoffanreicherung) reagiert. Besucher dürfen die angelegten Steige nicht verlassen und eine Beweidung sollte durch eine Umzäunung möglichst verhindert werden.
• Durch althergebrachte menschliche Nutzung entstandene Biotope wie beispielsweise Streuwiesen und Magerwiesen bedürfen weiterhin einer regelmäßigen Mahd zwischen 1. September und 15. März, um eine Verbuschung zu verhindern. In besonderen, begründeten Fällen kann die Mahd vorverlegt werden (Beschluss der Landesregierung Nr. 264 vom  12.04.2022).
• Die Trockenrasen im Vinschgau und in Castelfeder benötigen hingegen eine angemessene Beweidung, andernfalls verbuschen sie.

Um Einkommensverlust und Zusatzkosten auszugleichen, gewährt die Landesabteilung Natur, Landschaft und Raumentwicklung sogenannte Landschaftspflegeprämien. 

In vielen Biotopen sind fallen periodische Pflegearbeiten an, wie beispielsweise:

• Instandhaltung von Steigen
• Errichten und Reparatur von Zäunen, Stegen, Schranken
• Beschilderung
• Beseitigung von Abfällen
• Entstrauchen und Mähen von Wiesen
• Regeneration von Weihern und Gräben
• Pflanzen von Hecken

Werden Schilfflächen nicht mehr traditionell genutzt, werden Pflegemaßnahmen von öffentlicher Hand organisiert und durchgeführt. Um die biologische Vielfalt zu erhöhen, werden manchmal auch neue Wasserflächen geschaffen. Wenn es notwendig ist, werden verlandete Teiche und Gräben entschlammt, um ihre natürliche Dynamik zu reaktivieren.