Wesentlicher Bestandteil der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie) ist der Schutz der Arten die europaweit bedroht, selten oder endemisch sind.

Die Anhänge der FFH-Richtlinie listen Arten von gemeinschaftlichem Interesse auf, 

• für deren Erhalt und Schutz entweder spezielle Schutzgebiete (Gebiete von Gemeinschaftlicher Bedeutung) ausgewiesen werden müssen (Arten des Anhang II) oder 
• für die ein strenger Schutz vorzusehen ist (Arten des Anhang IV) oder 
• für deren Entnahme aus der Natur eine Regelung vorzusehen ist (Arten des Anhang V).

Einige Arten des Anhang II sind als prioritär (*) gekennzeichnet. Für ihre Erhaltung haben die Mitgliedsstaaten eine besondere Verantwortung.

Für die im Anhang I der Vogelschutzrichtlinie aufgeführten Arten sind besondere Schutzmaßnahmen hinsichtlich ihrer Lebensräume anzuwenden. Ziel ist es, das Überleben und die Vermehrung dieser Arten in ihrem Verbreitungsgebiet sicherzustellen. Für regelmäßig auftretende Zugvogelarten, die nicht im Anhang I aufscheinen, sind ebenfalls Maßnahmen zu ergreifen. Diese betreffen Vermehrungs-, Mauser- und Überwinterungsgebiete sowie Rastplätze in den Wanderungsgebieten.

Die Schutzmaßnahmen gelten auch außerhalb der Natura-2000-Gebiete und dienen dazu, jede Gefährdung oder Verschlechterung des Erhaltungszustandes der Arten zu verhindern.

Hier ein Überblick der Natura-2000-Arten, die in Südtirol vorkommen.